Le projet GenomAMR-Africa, lancé en 2025 sous l'égide du CDC Afrique et du Wellcome Sanger Institute, représente la plus ambitieuse initiative de surveillance génomique de la résistance aux antimicrobiens jamais entreprise sur le continent africain. En utilisant le séquençage du génome entier (WGS), le projet vise à cartographier la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques à travers les frontières nationales et à identifier les corridors de transmission prioritaires. Au cours de sa première année d'opération, GenomAMR-Africa a séquencé plus de 15 000 isolats bactériens collectés dans 28 pays africains. Les analyses phylogénétiques ont révélé des schémas de propagation inattendus : les gènes de résistance aux carbapénèmes de type NDM-5, initialement identifiés en Afrique du Nord, se sont propagés vers l'Afrique de l'Ouest via des corridors commerciaux traversant le Sahara, plutôt que par les voies de migration nord-sud traditionnellement suspectées. Le Dr Iruka Okeke, conseillère scientifique du projet, a expliqué que « la résistance ne respecte pas les frontières. Notre approche génomique nous permet de voir, pour la première fois, comment les gènes de résistance voyagent à travers le continent, souvent en suivant les routes commerciales et les flux migratoires ». Elle a souligné l'importance de ces données pour orienter les interventions de santé publique. Le projet a également mis en place une plateforme de partage de données génomiques en accès libre, permettant aux chercheurs et aux décideurs de 54 pays africains de visualiser en temps réel la distribution géographique des principaux déterminants de résistance. Cette transparence sans précédent est saluée par la communauté scientifique internationale comme un modèle de collaboration Sud-Sud.