Le séquençage génomique des pathogènes résistants aux antibiotiques est en train de passer du stade de la recherche académique à celui de la surveillance de routine en Afrique, grâce au réseau Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI). Lancé en 2022 avec un financement initial de 100 millions de dollars du CDC américain et du Wellcome Trust, le réseau a franchi une étape symbolique en installant son centième séquenceur dans un laboratoire de santé publique africain. Les 100 séquenceurs — principalement des plateformes Oxford Nanopore MinION et Illumina MiSeq — sont désormais opérationnels dans 35 pays africains. Plus de 1 500 scientifiques africains ont été formés aux techniques de séquençage et à l'analyse bioinformatique. En 2025, le réseau a produit plus de 50 000 séquences génomiques de pathogènes résistants, contribuant significativement à la compréhension de l'épidémiologie moléculaire de la RAM sur le continent. Le Dr Christian Happi, directeur du Centre africain d'excellence en génomique des maladies infectieuses (ACEGID) au Nigeria, a déclaré que « le séquençage génomique n'est plus un luxe réservé aux laboratoires de recherche des pays riches. C'est un outil de santé publique essentiel que l'Afrique est désormais en mesure de déployer à grande échelle ». Il a cité l'exemple du Nigeria, qui utilise désormais le séquençage de routine pour orienter les politiques de traitement empirique dans ses hôpitaux de référence. Le réseau Africa PGI a également développé une infrastructure cloud de données génomiques, hébergée sur le continent, qui permet le partage sécurisé des séquences entre pays tout en respectant les principes de souveraineté des données. Cette plateforme alimente un système d'alerte précoce capable de détecter l'émergence de nouveaux mécanismes de résistance en temps quasi réel.